Στο Ιστορικό Αρχείο Αρχαιοτήτων λειτουργεί εργαστήριο συντήρησης που είναι αρμόδιο για τη συντήρηση - προληπτική και επεμβατική- των χαρτώων τεκμηρίων.
Οι πρώτες σωστικές εργασίες στοχεύουν στην πρόληψη της μελλοντικής επιδείνωσης της κατάστασης διατήρησης ή και της απώλειας του χαρτώου υλικού.
Σε αυτό το στάδιο εργασιών ο συντηρητής φροντίζει για την απομάκρυνση όλων των επιβαρυντικών παραγόντων και επιλέγει κατάλληλα αποθηκευτικά μέσα ώστε να αποτραπεί η περαιτέρω φθορά του υλικού το οποίο στη συνέχεια φυλάσσεται στο αρχειοστάσιο σε σταθερές συνθήκες θερμοκρασίας και σχετικής υγρασίας.
Η επεμβατική συντήρηση αφορά σε εργασίες σχετικές με τον καθαρισμό, τις συμπληρώσεις και τις στερεώσεις με υλικά τα οποία είναι συμβατά με το πρωτογενές υλικό και αντιστρεπτά και έχουν στόχο την αποκατάσταση των φθορών και την αποτροπή περαιτέρω απωλειών της χαρτώας ύλης.
Ο συντηρητής συνεργάζεται με το επιστημονικό προσωπικό του αρχείου ώστε από κοινού να δίνεται η προτεραιότητα στο πλαίσιο της επεμβατικής συντήρησης ανάλογα με την σπουδαιότητα των τεκμηρίων και την κατάσταση διατήρησής τους.